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Configurer des séquences biologiques pour les aligner

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 17 août 2021

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Codage de séquences biologiques avec Rust

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 17 août 2021

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Alignement de séquences biologiques

Algorithme de Needleman et Wunsch en Rust

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 17 août 2021

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Alignement de séquences biologiques

Algorithme de Needleman et Wunsch en Rust

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 14 août 2021

dernière modification le 30 août 2021

Cet article est un nouveau chapitre de mes exercices de programmation en Rust, précédé de Premiers programmes en Rust, de Programmation Rust, suite, de Codage de séquences biologiques avec Rust et de Configurer des séquences biologiques pour les aligner. Il arrive au cœur du sujet, l’algorithme de Needleman et Wunsch pour l’alignement de séquences, pour lequel j’ai déjà publié les solutions en Scheme et en Python (pour ce dernier, désolé, il faudra acheter le livre, sans d’ailleurs pour autant vous priver de celui de Scheme). La présentation de cet algorithme doit beaucoup à William Saurin.

Programmation dynamique

L’algorithme de Needleman et Wunsch calcule un alignement optimal de deux chaînes de caractères en fonction du coût attribué aux trous (pénalité de gap, par exemple lorsqu’une chaîne est plus courte que l’autre) et aux mutations (lorsque l’on aligne deux caractères différents ; (...)

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Configurer des séquences biologiques pour les aligner

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 3 juillet 2021

dernière modification le 17 août 2021

Pour programmer un algorithme génial qui méritera le prix Turing, il faudra souvent avoir au préalable acquis les données, généralement depuis un ou plusieurs fichiers, et les avoir mises sous la forme appropriée. C’est un travail peu glorieux, mais ce n’est pas forcément très facile, cela prend du (...)

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Corrigé de l’examen BNF103 - Algorithmes pour la bioinformatique

Session de juin 2021

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 26 juin 2021

dernière modification le 23 juillet 2021

Les problèmes 1 et 3 sont notés sur 8 points, le problème 2 sur 4 points. Il est recommandé de lire entièrement les énoncés des trois problèmes avant de commencer à répondre. Problème N° 1

On s’intéresse à l’écriture des nombres conformes à la syntaxe de la calculette standard des systèmes Unix, bc, et on (...)

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Corrigé de l’examen d’algorithmique de la biologie, juin 2012

Programmation des expressions régulières

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 24 juin 2021

Traitement des expressions régulières

On s’intéresse à l’écriture des nombres conformes à la syntaxe de la calculette standard des systèmes Unix, bc, et on veut créer des expressions régulières qui vérifient la syntaxe de tels nombres. Par exemple, si j’écris -1.23^-5 cela dénote le nombre (l’accent (...)

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Codage de séquences biologiques avec Rust

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 15 juin 2021

dernière modification le 16 juin 2021

Un exemple intéressant de codage de l’information est la représentation des signes de l’écriture, caractères alphabétiques, sinogrammes, hiéroglyphes, chiffres, etc., désignés par le terme générique caractère.

Aux débuts du traitement des textes par ordinateur existaient deux codes rivaux : ASCII (American (...)

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Programmation Rust, suite

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 15 mai 2021

dernière modification le 16 mai 2021

Cet article est la suite d’un précédent.

Configurer les séquences pour l’alignement

Après avoir ouvert et lu des fichiers, il faut maintenant lire un fichier au format FASTA, en se limitant pour l’instant à un fichier qui ne contient qu’une seule séquence, séparer la ligne initiale de commentaire (qui contient les identifiants de la (...)

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Premiers programmes en Rust

Un héritier d’Ada pour la programmation système ?

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 5 mai 2021

dernière modification le 15 septembre 2021

Cet article a une suite.

Programmation de bas niveau dans un langage moderne

Après l’assembleur RISC-V je suis monté d’un étage dans l’échelle d’abstraction des langages et me voici en Rust. L’apparition de ce nouveau langage de bas niveau (c’est-à-dire proche du matériel) m’a séduit a priori parce que je n’ai jamais pu me (...)

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Créer une machine virtuelle Ubuntu sous Windows et y installer Bigloo

Pré-requis pour le cours d’initiation à la programmation

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 23 avril 2021

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Configurer des séquences
17 août 2021
par Laurent Bloch
Rubrique : Algorithmes pour la biologie
Codage de séquences biologiq
17 août 2021
par Laurent Bloch
Rubrique : Algorithmes pour la biologie
Algorithme de Needleman et
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30 août 2021
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Corrigé de l’examen BNF103 -
23 juillet 2021
par Laurent Bloch
Rubrique : Examens et corrigés
Corrigé de l’examen d’algorit
24 juin 2021
par Laurent Bloch
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16 mai 2021
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Créer une machine virtuelle
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Rubrique : Boîte à outils

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Scheme et les langages Lisp
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Enseignement de l’informatique, expériences, problèmes et perspectives
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À qui obéit votre ordinateur ?
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Codes secrets et arithmétique modulo n
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Cours de sécurité du système d’information
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L’Union européenne, colonie du monde numérique ?
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Les cyberattaques sont-elles solubles dans l’armement cinétique ?
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Une architecture en couches pour le cyberespace

Souveraineté dans le cyberespace

Histoire de l’informatique

Bletchley Park, haut lieu de la cryptographie
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Histoire illustrée de l’informatique
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Inventer l’Internet (Inventing the Internet)
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Les microprocesseurs, leur histoire et leur avenir
Louis Pouzin - L’un des pères de l’Internet
L’arithmétique binaire, par Leibniz
L’informatique à la lumière de quelques textes de Leibniz
L’informatique embarquée du premier sous-marin nucléaire français
L’informatique en France de la seconde guerre mondiale au Plan Calcul
Marché des semi-conducteurs : les leaders depuis 1985
Petite bibliographie pour un historique du Système d’Information
Premiers circuits intégrés, naissance de Pascal
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Richard Stallman et la révolution du logiciel libre

Informatique, pensée, création

Bouveresse, Leibniz, Gödel
Faire respecter le droit d’auteur à l’âge informatique ?
Faux amis / Deceptive Cognates
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La longue traîne
La signature électronique universelle
Le grand schisme de l’Internet
Les man pages Unix sont incompréhensibles par essence
Livre électronique, droit d’auteur, DRM et service au client
L’Internet bouleverse la culture et les relations inter-culturelles
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Publier ses livres à son compte
Quand le digital défie l’État de droit
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Signature électronique : iTunes suit notre idée ! :-) MySpace aussi
Signature électronique, réponses aux réponses
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L’informatique : science et industrie

Boîte à outils
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L’informatique embarquée du premier sous-marin nucléaire français
La bulle universitaire — Faut-il poursuivre le rêve américain ?
La pensée PowerPoint — Enquête sur ce logiciel qui rend stupide
Le récit de Cédric Villani : Théorème vivant
Les métamorphoses du calcul
Prédation et prédateurs par Michel Volle
Richard Stallman et la révolution du logiciel libre
Richesse du monde, pauvretés des nations

Marcel Moiroud : journal-atelier

À propos de Rationalité et réalisme : qu’est-ce qui est en jeu ?
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Révolution cyberindustrielle et iconomie

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Brève bibliographie de la révolution cyberindustrielle
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Devoxx, la Révolution cyberindustrielle en actes
Hyperpuissance de l’informatique - Algorithmes, données, machines, réseaux
IBM et Microsoft contre les GAFA, Cisco contre Huawei : bien gérer son déclin
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Informatique en nuage et réseaux de distribution de données
L’informatique, première industrie mondiale
La Chine va-t-elle dominer le monde ?
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L’usine microélectronique STMicro à Crolles
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Trump et Xi Jinping - les apprentis sorciers
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System-on-a-chip (SoC) : asynchronisme et économie d’énergie
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Attack of the Killer Microseconds
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Travail ou imitation de travail ?
Un système d’information : oui, pourquoi pas, mais est-ce vraiment nécessaire ?
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