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Lire une banque de séquences biologiques avec Rust
par Laurent Bloch
le mardi 12 octobre 2021

Mon article précédent consacré à Rust donne une version de l’algorithme classique de Needleman et Wunsch pour l’alignement de séquences biologiques : chacune des séquences est enregistrée dans un fichier FASTA, le programme lit les deux fichiers et calcule le score de similitude en fonction des coûts de gap et de mutation passés en paramètres, ainsi que l’alignement.
Fort bien, mais ce n’est pas ce que les biologistes font le plus souvent : en général ils ont plutôt une séquence qui les intéresse, dite (...)

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