Guider Blast avec un motif

Guider Blast avec un motif

Principe

La recherche effectuée par Blast s'effectue toujours en deux étapes :

une étape de présélection qui met en oeuvre une « heuristique » permettant de deviner rapidement si la séquence de la banque est potentiellement similaire à la requête ;
une étape de comparaison étendue et d'alignement sur les séquences présélectionnées.

PHI-Blast (Pattern-Hit Initiated BLAST, [phi99][ZSM⁺98]) permet d'intervenir au niveau de la 1ère étape : plutôt que de laisser le programme construire tout seul le modèle de recherche, il permet de spécifier soi-même un motif qui sert alors de critère de présélection. La deuxième étape ne change pas.

Deux intérêts de cette méthode :

cela permet de guider intelligemment la recherche ;
c'est plus rapide, puisque le motif donné par le biologiste est nécessairement moins complexe que le modèle construit par l'heuristique.

Inconvénient :

il faut connaître un motif caractéristique de la séquence requête.

Notons que cette méthode n'est pas nécessairement « meilleure » par rapport à la méthode blast classique ; elle est simplement différente.

Utilisation

Pasteur : http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/phiblast.html

NCBI : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/cgi-bin/BLAST/nph-psi_blast?Jform=1

On donne deux informations au programme :

la séquence requête - de ce côté-là, ça ne change pas ;
le motif, en syntaxe Prosite ; le motif doit exister dans la requête. Exemple de motif :

[LIVMF]-G-E-x-[GAS]-x(2)-[LIVM]-x(5,11)-[RG](2)

où :

[LIVMF] : n'importe lequel des caractères de la liste

x : n'importe quel caractère

x(2) : n'importe quel caractère sur deux positions

x(5,11) : de 5 à 11 fois n'importe quel caractère

[RG](2) : R ou G sur deux positions

Exemple

motif :

[LIVM]-x-D-x(2)-[GA]-[NQS]-K-G-T-G-x-W

requête :

> 6PG1_YEAST
MSADFGLIGLAVMGQNLILNAADHGFTVCAYNRTQSKVDHFLANEAKGKSIIGATSIEDF
ISKLKRPRKVMLLVKAGAPVDALINQIVPLLEKGDIIIDGGNSHFPDSNRRYEELKKKGI
LFVGSGVSGGEEGARYGPSLMPGGSEEAWPHIKNIFQSISAKSDGEPCCEWVGPAGAGHY
VKMVHNGIEYGDMQLICEAYDIMKRLGGFTDKEISDVFAKWNNGVLDSFLVEITRDILKF
DDVDGKPLVEKIMDTAGQKGTGKWTAINALDLGMPVTLIGEAVFARCLSALKNERIRASK
VLPGPEVPKDAVKDREQFVDDLEQALYASKIISYAQGFMLIREAAATYGWKLNNPAIALM
WRGGCIIRSVFLGQITKAYREEPDLENLLFNKFFADAVTKAQSGWRKSIALATTYGIPTP
AFSTALSFYDGYRSERLPANLLQAQRDYFGAHTFRVLPECASDNLPVDKDIHINWTGHGG
NVSSSTYQA

Catherine Letondal

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